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Clustermaschinen des LS Parodi

Der Rechencluster besteht aus:

  • 12 Serverknoten, Fujitsu PRIMERGY CX250 (in drei Fujitsu PRIMERGY CX400 Chassis, je 2U):
    gar-cl-mednd01, ..., gar-cl-mednd12.hpc.garching.physik.uni-muenchen.de
  • 1 Nexenta basiertes Storage mit 42TB Brutto-Kapazität (plus Caching SSD-Geräte)
    gar-sv-hpcnex01.hpc.garching.physik.uni-muenchen.de
  • 10 GbE HP Networking Switch E6600

Jeder Knoten verfügt über zwei 8-Core Intel Xeon E5-2670 CPUs zu je 2.6 GHz (Hyper Threading fähig) und 64GB RAM. Insgesamt besteht der Cluster aus 192 CPU-Kernen (d.h. 384 HTcores). Alle Serverknoten und das Storage sind über 10Gbit Ethernet verbunden.

Dateisysteme

Zwei Dateisysteme sind ausschließlich der Benutzung in Verbindung mit dem Cluster gewidmet. Diese über 10GbE angebunden Dateisysteme sind sehr schnell im Zugriff.

Zur Verfügung stehen

  1. Cluster Home-Verzeichnis (derzeit 2TB Kapazität, täglicher Snapshot): /project/med-clhome
    Typischerweise werden Dateisysteme durch Rechencluster stark belastet. Deshalb sind normale Home-Verzeichnisse (auf den Workstations) nicht auf dem Cluster verfügbar.
    Die Struktur des Cluster-Home-Verzeichnisses ist identisch jener auf normalen Workstations - falls z.B. Ihr normales $HOME Verzeichnis /home/Max.Mustermann ist, dann wird es auf dem Cluster auch so sein, jedoch ohne die Inhalte Ihres normalen Home-Verzeichnisses zu beherbergen. Daten, die Sie auf dem Cluster benötigen, müssen also explizit von Ihnen in das Cluster-Verzeichnis kopiert werden.
    Damit Sie dies bewerkstelligen können ist das Cluster-Home-Verzeichnis erreichbar (auf den Workstations und dem Cluster) unter /project/med_clhome - z.B. /project/med_clhome/m/Max.Mustermann. Dieser Pfad wird durch die Umgebungsvariable $MED_CLHOME zur Verfügung gestellt, welche Sie im Kontext des Clusters immer verwenden sollten. Technisch gesehen ist /home ein symbolischer Link zu /project/med-clhome.
  2. LS Parodi Projektverzeichnis (derzeit 10TB Kapazität, täglicher Snapshot): /project/med
    Dies ist das normale Projektverzeichnis, welches auch auf den Workstations verfügbar ist.

Übersicht

 

Workstations

Cluster

Normales Home  $HOME k.a.
Cluster-Home:
  /project/med_clhome/...
$MED_CLHOME  $MED_CLHOME equiv. $HOME
/home → /project/med-clhome
Projektverzeichnis
  /project/med
/project/med /project/med

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